Pewnego dnia w Rosji w małym miasteczku zostaje wypuszczony śmiercionośny wirus. Powód nie jest znany. Po pewnym czasie zaistniały obawy, iż ta sama sytuacja powtórzy się w Tokio. THIRD-i to jednostka, która walczy z terroryzmem. Takagi Fujimaru jest synem jednego z pracowników tej jednostki, a także genialnym hakerem. Fujimaru zaczyna pomagać THIRD-i przy walce z terroryzmem.