Sekirei to każde ze 108 pięknych stworzeń o nieznanym pochodzeniu. Wraz ze swoimi Ashikabi (ludzkimi partnerami) walczą se sobą o miano najlepszej. Sahashi Minato to 19-letni dwukrotny ronin. Gdy przypadkiem wpada na niego (dosłownie) Musubi, jego życie zmienia się o 180 stopni.